化肥廠廢水主要來自合成氨和尿素車間的濃氨氮廢水。該廢水中氨氮的主要形式爲無機氨。化肥廠廢水中超過煉油廠廢水處理标準的主要污染物是氨氮、硫化物和總氰化物。這種類型的水具有氨氮含量，並(bìng)含有有毒的總氰化物和硫化物特性。在處理化肥廠廢水時，無論採(cǎi)用何種工藝和方法，一般處理過程可分爲三個步驟。

第一步：預處理。化肥廠廢水可以通過水質和水量調節、化學沉澱、浮選、隔油等方法進行初步淨化，目的是從水中分離出懸浮固體、浮油和重油等雜質。
第二步：生物純化。化肥廠廢水的生物淨化方法是利用微生物的降解作用，對排放口廢水處理中的有機溶解物和膠體物質進行生物降解，有效降低水中氨氮和 COD含量。
第三步：深度淨化。所使用的技術主要包括活性炭吸附、臭氧氧化、膜分離等，目的是降低廢水中的COD含量和色度，吸附氣味、氣味和其他難以被微生物降解的有機和溶解性無機污染物
，並徹底淨化廢水達到标準。
需要注意的是，由於不同化肥廠廢水的質量、數量和處理标準不同，廢水運營商在選擇處理方法方面也存在顯著差異。化肥廠整個廢水處理過程中使用的主要淨水器是 聚合氯化鋁和聚丙烯酰胺。其中，在廢水絮凝沉澱過程中，聚合氯化鋁和陰離子聚丙烯酰胺的組合常用於綜合性食品廠廢水，陽離子聚丙烯酰胺常用於污泥脫水處理。陰離子聚丙烯酰胺和陽離子聚丙烯酰胺的選擇應基於水質。